Về nguyên tắc, việc chất xếp hàng hóa phải tạo điều kiện cho hơi thuốc khuếch tán đều khắp trong không gian khử trùng, như vậy nồng độ thuốc mới đồng đều tại tất cả mọi vị trí và mới đủ hiệu lực để diệt triệt để côn trùng. Vì vậy, khi xếp hàng vào container thì thể tích hàng không được chiếm hết thể tích của container, hàng hóa nên được xếp trên một lớp pallet ở đáy container và bề mặt hàng hóa nên cách trần container tối thiểu 30 cm để hơi thuốc có thể lưu chuyển đều trong khối hàng hóa.